一是凭有关入学许可和保证手续向日本驻华大使馆或领事馆申请；

二是凭留学生居留资格证明，向日本驻华大使馆或领事馆申请。

如果采取前一种程序，日本驻华大使馆或领事馆受理申请后，无权发给入境签证，尚需将材料报到法务省，再由法务省会同文部省一道审核，包括录取学校情况和保证人情况。因此，所花费时间较长，一般要等待3个月左右。而采用后一种程序，因为入境留学申请的居留资格已经得到法务省的确认，所以日本驻华大使馆或领事馆可以直接发给入境签证。一般递交有关证明手续后，几天内便可以取得签证。